А. И. Кононов является учеником проф. Рапопорта, долгие годы работавшего на кафедре Молекулярной биофизики, ученика выдающегося ученого академика Теренина, основателя направления «фотоника». Научные интересы А. И. Кононова связаны в первую очередь с биофотоникой, областью изучающей взаимодействие фотонов и биообъектов.

Основные направления исследований научной группы А. И. Кононова находятся на стыке физики, химии, медицины и биологии и связаны с разработкой, а также изучением структуры и динамики различных супрамолекулярных комплексов на основе полимеров и биополимеров:

• Биосенсоры на основе комплексов полимеров, ДНК и протеинов с металлическими нанокластерами и квантовыми точками для медицинской диагностики
• Самоорганизация ДНК в комплексах с ионами металлов: наноструктуры для наносенсорики и наноэлектроники
• Фотоника биомолекул

Основные методы исследований:

• стационарная и временная спектроскопия
• квантовая химия

Основные гранты группы последних лет:

• «Корейско-российское международное сотрудничество по созданию новых гибридных наноматериалов для биосенсорики и фотодинамической терапии» (5 млн. руб., 2020-) (РФФИ
• «Разработка и характеристика биосенсорных систем на основе металлических нанокластеров для детекции биомаркеров и фототерапии витилиго» (15 млн. руб., 2020-) (РНФ)
• «Люминесцентные металлические нанокластеры в нуклеопротеиновых матрицах» (10 млн. руб., 2019-2020) (РНФ)
• «Люминесцентные металлические нанокластеры в нуклеопротеиновых матрицах» (15 млн. руб., 2016-2018) (РНФ)
• «Photoprocesses on the femtosecond time scale in stacked cytosines» (руководитель от российской стороны, 2017-2019) (CRDF Global)

Публикации последних лет в наиболее рейтинговых журналах:

1. Pomogaev, V.A., Lee, H.J., Goh, E. et al. Electronically Excited States in Model Complexes of Noble Metal Clusters with Carbon Nanodots. Russ Phys J 64, 2076–2081 (2022). https://doi.org/10.1007/s11182-022-02558-9
2. Buglak, A.A.; Kononov, A.I. Silver Cluster Interactions with Tyrosine: Towards Amino Acid Detection. Int. J. Mol. Sci. 2022, 23, 634. https://doi.org/10.3390/ijms23020634
3. Andrey A. Buglak, Alexei I. Kononov. Silver cluster interactions with Pterin: Complex structure, binding energies and spectroscopy. Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy, Volume 279, 2022, 121467, ISSN 1386-1425, https://doi.org/10.1016/j.saa.2022.121467.
4. R. Ramazanov, D. A. Maksimov, A. I. Kononov. Noncanonical Stacking Geometries of Nucleobases as a Preferred Target for Solar Radiation.J. Am. Chem. Soc. 2015, 137 (36), 11656–11665. [DOI link]
5. L. Volkov, Z. V. Reveguk, P. Yu. Serdobintsev, R. R. Ramazanov, A. I. Kononov. DNA as UV light–harvesting antenna, Nucleic Acids Res., 2018, 46 (7), 3543-3551. [DOI link] ON COVER
6. V. Reveguk, E. V. Khoroshilov, A. V. Sharkov, V. A. Pomogaev, A. A. Buglak, A. N. Tarnovsky, A. I. Kononov, Exciton Absorption and Luminescence in i-Motif DNA, Sci. Rep. 2019; 9: 15988. [DOI link]
7. R. Ramazanov, T. S. Sych, Z. V. Reveguk, D. A. Maksimov, A. A. Vdovichev, A. I. Kononov, Ag−DNA Emitter: Metal Nanorod or Supramolecular Complex? J. Phys. Chem. Lett. 2016, 7, 3560−3566. [DOI link]
8. D.A. Maksimov, V.A. Pomogaev, A.I. Kononov, Excitation spectra of Ag3 –DNA bases complexes: a Benchmark Study, Chemical Physics Letters (2017), 673, pp 11-18. [DOI link] ON COVER
9. R. Ramazanov, A. I. Kononov, Excitation Spectra Argue for Threadlike Shape of DNA-Stabilized Silver Fluorescent Clusters, J. Phys. Chem. C, 2013, 117 (36), 18681–18687. [DOI link] ON COVER [Cover]
10. Reveguk, R. Lysenko, R. Ramazanov, A. Kononov, Ultrafast fluorescence dynamics of DNA-based silver clusters, Phys. Chem. Chem. Phys., 2018,20, 28205-28210. [DOI link]
11. Reveguk Z.V., Pomogaev V.A., Kapitonova M.A., Buglak A.A., Kononov A.I. Structure and Formation of Luminescent Centers in Light-up Ag Cluster-Based DNA Probes, J. Phys. Chem. C. 2021, 125, 6, 3542–3552. [DOI link]
12. A.A.Buglak, T.A.Telegina, E.A.Vorotelyak, A.I.Kononov. Theoretical study of photoreactions between oxidized pterins and molecular oxygen. J Photochem Photobiol, 2019, 372, 254-259. [DOI link]
13. Buglak, A.A., Kononov, A.I., Comparative study of gold and silver interactions with amino acids and nucleobases, RSC Advances, 2020, 10(56), 34149-34160. [DOI link]
14. Sych T.S., Polyanichko A.M., Plotnikova L.V., Kononov A.I., Luminescent silver nanoclusters in probing immunoglobulins and serum albumins in protein mixtures, Anal. Methods, 2019, 11, 6153-6158. [DOI link]